爱德华和阿尔冯斯兄弟二人，为了找回失去的一切，在旅途中寻找贤者之石，揭示世界的真相。
天才们的恋爱头脑战，双方都希望对方先告白，上演令人捧腹的校园日常。
阴沉的中二少年市川京太郎，渐渐被班级的中心人物山田杏奈吸引，两人笨拙地拉近距离。